দুর্গাঙ্গনের খরচ নিয়ে শুরু থেকেই বিতর্ক রয়ে গিয়েছে। সরকারি টাকায় মন্দির তৈরি করা যায় না বলেই দাবি করে আসছেন বিরোধীরা। তবে সরকারের দাবি, এই দুর্গাঙ্গনের সঙ্গে ধর্মের কোনও যোগ নেই।