টমেটোতে হিস্টামিন নামক এক যৌগ আছে, যা ত্বকে অ্যালার্জির সমস্যা তৈরি করতে পারে
টমেটোতে ম্যালিক অ্যাসিড ও সাইট্রিক অ্যাসিড আছে, যা বুক জ্বালা ও অ্যাসিড রিফ্লাক্সের সমস্যা তৈরি করতে পারে
টমেটোতে ক্যালসিয়াম ও অক্সালেট রয়েছে। এর পরিমাণ শরীরে বেড়ে গেলে কিডনিতে পাথরও হতে পারে।
অতিরিক্ত টমেটো খেলে গাঁটে ব্যথা বা বাতের সমস্যা দেখা দিতে পারে
টমেটোতে সালমোনেলা নামক একটি যৌগ রয়েছে, যার পরিমাণ শরীরে বেশি হয়ে গেলে ডায়রিয়ার সমস্যা দেখা দিতে পারে